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Mappings of External Classification Systems to GO

  1. マッピングとは何ですか?
  2. マッピング
  3. ファイルディレクトリのマッピング

1. マッピングとは何ですか?

このファイルには外部データベースシステムから取り出している内容を含んでいます (例:EC番号、UniProtキーワード、TIGR機能)。 これらの語句もGO Termと同じように扱っています。 マッピングは手動でつくったものです。詳細はファイルヘッダーを見れば分かります。

マッピングは案内だけに使って下さい。

我々はできるだけ正確を心がけていますが、 GOプロジェクトによってつくられたマッピングが完全であるか、正確であるかということは保証できません。 これはGO Termの定義がないか、外部システムの語句を使ったものがあることによるのかもしれません。 GOオントロジーと外部データベースはマッピングされることによって変更されたからかもしれません。 誤りの報告や代替案の提案はGOヘルプデスクまでお願いします。

マッピング形式
マッピングファイルのは以下の形式を取っています:

external database:term identifier (id/name) > GO:GO term name

外部データベース名:外部データベースでの語句またはID > GO:GO term ; GO:nnnnnnn

詳しくはファイルフォーマットガイドをご覧下さい。

2. マッピング

メンバーデータベースの各エントリーとGO Termの対応を記述したものです。

例:EC番号データベースとのマッピング

!version: $Revision: 1.72 $ ←バージョン1.72
!date: $Date: 2008/04/02 14:58:46 $ ←アップデート年月日
!Mapping of GO function_ontology "enzymes" to Enzyme Commission Numbers. 
!original mapping by Michael Ashburner, Cambridge.
!This version parsed from function.ontology on 2008/04/01 14:04:04
!by Daniel Barrell, EBI, Hinxton
!
EC:1 > GO:oxidoreductase activity ; GO:0016491
EC:1.1 > GO:oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors ; GO:0016614
EC:1.1.1 > GO:oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor ; GO:0016616
EC:1.1.1.1 > GO:alcohol dehydrogenase activity ; GO:0004022
EC:1.1.1.10 > GO:L-xylulose reductase activity ; GO:0050038
EC:1.1.1.100 > GO:3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase activity ; GO:0004316
EC:1.1.1.101 > GO:acylglycerone-phosphate reductase activity ; GO:0000140
EC:1.1.1.102 > GO:3-dehydrosphinganine reductase activity ; GO:0047560
EC:1.1.1.103 > GO:L-threonine 3-dehydrogenase activity ; GO:0008743
EC:1.1.1.104 > GO:4-oxoproline reductase activity ; GO:0016617
EC:1.1.1.105 > GO:retinol dehydrogenase activity ; GO:0004745
EC:1.1.1.106 > GO:pantoate 4-dehydrogenase activity ; GO:0050166
EC:1.1.1.107 > GO:pyridoxal 4-dehydrogenase activity ; GO:0050235
EC:1.1.1.108 > GO:carnitine 3-dehydrogenase activity ; GO:0047728
EC:1.1.1.11 > GO:D-arabinitol 4-dehydrogenase activity ; GO:0047813
EC:1.1.1.110 > GO:indolelactate dehydrogenase activity ; GO:0047722