調べもの

βヘアピン（β hairpin）

Blanco FJ, Rivas G, Serrano L.,"A short linear peptide that folds into a native stable beta-hairpin in aqueous solution.（水溶液中において天然で安定なβヘアピン構造へと折り畳まれる短い直鎖ペプチド）",Nat Struct Biol. 1994 Sep;1(9):584-90 PDID:7634098: 16残基の構造的性質は、G蛋白質のB1ドメインの２つ目のβヘアピンに関係しており、 NMRで研究されている。この断片は、著者たちの実験条件下では単量体的であり、純水の下では集まって、天然のβヘアピン構造を40％まで含んでいる。 NMRで検出された、水溶液中の天然様βヘアピンは、ここで初めて報告するものである。これは、蛋白質折り畳みの初期段階においてこれらの構造要素が需要な役割をしているかもしれないことを示唆する。
Hoyer W, Grönwall C, Jonsson A, Ståhl S, Härd T., "Stabilization of a {beta}-hairpin in monomeric Alzheimer's amyloid-{beta} peptide inhibits amyloid formation.（アルツハイマー病のアミロイドβペプチド単量体におけるβヘアピンの安定性がアミロイド形成を阻害する）", Proc Natl Acad Sci U S A. 2008 Apr 1;105(13):5099-104. Epub 2008 Mar 28. PMID:18375754

アミロイド仮説によると、アルツハイマー病の症状は、アミロイドβ（Abeta）ペプチドが蛋白質プラークへと重合し集まることがきっかけとなる。潜在的に有毒な少量体形成と線維質Abetaの凝集は、β構造の含量が増える構造変化を伴う。著者たちは、Abetaのphage-displayとの複合体の構造を報告する。 phage-displayはaffibody蛋白質Z（Abeta3）によって分泌される、ナノモルレベルの親和性がある結合蛋白質である。

ウイロイド（viroid）

Flores R, Gas ME, Molina D, Hernández C, Darós JA.,"Analysis of viroid replication.", Methods Mol Biol.(2008);451:167-83

Viroids, as a consequence of not encoding any protein, are extremely dependent on their hosts. Replication of these minimal genomes, composed exclusively by a circular RNA of 246-401 nt, occurs in the nucleus (family Pospiviroidae) or in the chloroplast (family Avsunviroidae) by an RNA-based rolling-circle mechanism with three steps: (1) synthesis of longer-than-unit strands catalyzed by host DNA-dependent RNA polymerases recruited and redirected to transcribe RNA templates, (2) cleavage to unit-length, which in family Avsunviroidae is mediated by hammerhead ribozymes, and (3) circularization through an RNA ligase or autocatalytically. This consistent but still fragmentary picture has emerged from a combination of studies with in vitro systems (analysis of RNA preparations from infected plants, transcription assays with nuclear and chloroplastic fractions, characterization of enzymes and ribozymes mediating cleavage and ligation of viroid strands, dissection of 5' terminal groups of viroid strands, and in situ hybridization and microscopy of subcellular fractions and tissues), and in vivo systems (tissue infiltration studies, protoplasts, studies in planta and use of transgenic plants expressing viroid RNAs).
ウイロイド（viroid）は、いかなる蛋白質もコードしない結果として、宿主に極めて依存している。ウイロイドが持つ最小の遺伝子を複製する際、206-401ntの環状RNAによってもっぱら構築され、３段階から成るRNAに基いた回転環状機構によって、Pospiviroidae科の場合は核に、Avsunviroidae科の場合は葉緑体に発生する。 (1)