Jmolについて

概要
引用の方法
Jmolでできること
Jmolの入手方法
Jmolを習得するには
Jmolスクリプトコマンドリファレンス
Jmol.js Javascriptライブラリ
リンク集

概要

JmolはJavaベースの、学生、教育関係者、そして化学や生化学の研究者のためのフリーでオープンソースな分子閲覧アプリケーションです。Windows、Mac OS X、Linux/Unixなどの環境で動作します。 Jmolには以下の３種類の形式があります。

Jmolアップレット：Webページに組み込むことができるWebブラウザアップレット
Jmolアプリケーション：デスクトップ上で単独で動作するJavaアプリケーション
Jmolビュアー：他のJavaアプリケーションに組み込むことができる開発ツールキット

参照元：

Jmolホームページ:Overview
Jmol Help Chapter 1. Introduction

引用の方法

Jmolでできること

Jmolの入手方法

Jmolを習得するには

Jmol学習のためのハンドブック（ISBN:978-1-84799-259-8）が出版されています（英語）。その他にもJmolに関する文献があります→Jmol Wiki - Literature

Jmol wiki内にチュートリアルをはじめとした様々な情報が掲載されています。技術的な文書はsourceforgeに掲載されています。

また例を使ってJmolを学ぶには、デモページやJmolを使ったサイトの一覧が役に立つでしょう。

Jmolの対話的スクリプトに関する文書はこちら。Jmol.jsというアップレットライブラリに関する文書はこちら。

参照元：

Jmolホームページ:Manuals and tutorials

Jmolスクリプトコマンドリファレンス

animation (anim)
atom expressions
backbone
background
bondorder
cartoon (cartoons)
center (centre)
centerAt
color (colour)
color（原子）
color（結合）
color（要素）
color（モデル）
comment (#)
connect
console
define
delay
depth
dots
echo
exit
font
frame
hbonds
hover
isosurface
label (labels)
load
loop
measure (monitor)
meshribbon
model
move
moveto
pmesh
polyhedra
quit
refresh
reset
restrict
ribbon (ribbons)
rocket (rockets)
rotate
script (scripts)
select
set（結合の表示形式）
set（既定の配色）
set（強調）
set（光の当たり方と透過性）
set（可視性）
set chainCaseSensitive
set debugScript
set measurement
set picking
set spin
show
slab
spacefill
spin
ssbonds
star
stereo
strands
trace
translate
vector (vectors)
vibration
wireframe
zap
zoom

zoom

分子の表示を拡大・縮小します。スクリプト中、このコマンドの後にcenterコマンドを記すと、zoomコマンドが効かないよう（Jmol 11.6.27 にて確認）。

Jmol.js Javascriptライブラリ

Jmol.jsはJmolアップレットを含むWebページを簡単に作成するのに利用できるJavaScriptライブラリです。この章はJmol.js JavaScript Libraryの訳を元に作成したものです。

Jmol.jsは何をするのか？
Jmol.jsの入手方法
Jmol.jsを使ったサンプルページ
一般的な推奨事項
初期化
ライブラリの呼び出し
フォーム設置

Jmol.jsは何をするのか？

Jmol.jsライブラリはJmolアップレットを用いたウェブページをより簡単に表現することを目的とした２組のユーティリティを提供します。

Jmolアップレットのウェブページへの挿入、アップレットのhtml,cssレイアウトの制御、そしてその制御をウェブページ上でできるようにする機能を提供します。もしあなたが独自のcssを記述したいのであれば、アップレット表示のための基本javascriptの使用を強く推奨します。
Jmolアップレットをウェブページ上で対話的に操作するユーザインタフェースコントロール（ボタン、ラジオボタン、チェックボックス、ドロップダウンメニューなど）を作ることもできます。目的の分子を読み込み、コントロールを使って分子の特定部分や背景の変更、分子の回転などができるようページを設定することができます。（これはJavaScriptを経由するアップレットを用いて対話的操作を可能にするLiveConnectと呼ばれる技術を通して実現されています。）別のやり方は、アップレットのポップアップメニュー、マウスジェスチャ、あるいはコンソールコマンドを通してユーザが分子を操作できるようにするというものです。コマンドによる制御はJmolに精通したユーザにのみ適した方法です。

ウェブページを作る際、Jmol.jsを使うことを強く推奨します。Jmol.jsは様々なHTMLタグ配列を自動的に生成してくれます。そのためコード記述が簡単になり、理解もしやすくなり、エラーが発生しにくくなります。

Jmol.jsライブラリは今世紀に入ってリリースされたほとんどのウェブブラウザで問題なく動作するでしょう。加えて、Win32環境ではNetscape 4.xシリーズのブラウザでも通常は問題なく動作します。

Mac OS XのInternet Explorerはサポート外であることに注意して下さい。なぜならこの環境ではJavaScriptとJavaアップレットとの間におけるLiveConnect通信が提供されていないからです。また、Mozilla系ブラウザ（FirefoxやCaminoを含む）はバージョンによってはjavaplugin.sourceforge.netのJava 1.4.2を使うよう設置する必要があるかもしれないことにも注意して下さい（これらブラウザの最新バージョンではプラグインを含むと報告されているので、そのような追加設定なく動作します）。

Jmol.jsライブラリを使わないよう選択した方が良い環境があります。例えば、PHP、JSP、ASP、CGIなどによるサーバ側でのHTML生成を用いた高度なウェブサーバアプリケーションを構築した場合などがそれに当たります。この場合、Jmol.jsライブラリを使うより直接HTMLコードを生成する方が適しているでしょう。もしどちらがいいのかよく分からないなら、Jmol.jsライブラリを使って下さい。

Jmol.jsの入手方法

Jmol.jsはJmolのダウンロードパッケージ（Jmolダウンロードページ参照）に含まれています。

Jmol.jsを使ったサンプルページ

Jmolアップレットのサンプルページがこちらにあります。Jmol.jsライブラリを使って生成できる様々なユーザインタフェースコントロールを見ることができます。

一般的な推奨事項

Jmol.js、JmolApplet0.jar、他のJmolApplet関係のjarファイル、そしてその他Jmol独自のファイルを収めるためのフォルダを作成する必要があります。この事項に関わる話をするに当たり、以後このディレクトリをJmolFolderと呼ぶことにします。
ウェブページをローカルディスク（ハードディスク、CD-ROMなど）から表示させようとする場合、JmolFolderに対する制限事項があります。その件についてはこちらをご覧下さい。
Jmolアップレットやコントロールを使用している各ウェブページでは、JmolFolderは相対パス（. や .. で始まるURL）で参照することを推奨します。/ で始まるサーバ相対パスは特別な環境下では動作するでしょう。絶対URL（http://で始まるURL）は、ページを相対参照で呼び出すことができない特別な環境下（例：サーブレットからオンザフライで生成されたページ）でのみ使用すべきです。
Jmolアップレットを使用するページは全て、head要素内に以下のHTMLコマンドを記述してJmol.jsライブラリを使用できるようにする必要があります。
```
<head>
  ...
  <script type="text/javascript" src="JmolFolder/Jmol.js"></script>
  ...
</head>
```
Jmolアップレットを使用するページは全て、最初にJmol.jsを呼び出す際にjmolInitialize("JmolFolder")を呼び出す必要があります。

初期化

【書式】
jmolInitialize(Jmolフォルダ)

Jmol.js JavaScriptライブラリを初期化します。記述するのは<head>要素内でも<body>要素内でも構いませんが、何らかのJmol.jsに属するものを呼び出す前に記述する必要があります。パラメータJmolFolderにはJmolApplet0.jarおよびその他のアップレットファイルがあるディレクトリを相対パスで指定します。記述内容はクォート記号で囲みます。

【例】
jmolInitialize("../jmol")

なお、JmolApplet.jarを利用し、かつそのファイルがHTMLファイルと同じディレクトリにある場合、jmolInitializeを省略することができます。

ライブラリの呼び出し

Jmolアップレットをページに読み込む設定を行い、ページにアップレットを表示します。

【書式】
jmolApplet(アップレットサイズ, スクリプト名, 属性指定)

アップレットサイズ（指定必須）

アップレットを表示する四角形の一辺の長さを指定します。値を１つだけ指定すると正方形で、カンマで区切って２つ指定すると長方形で表示されます。ピクセルおよび割合で指定することができます。指定方法と指定可能な値の範囲は以下の通りです。

ピクセル：無単位、指定可能な値の範囲は25〜2000。例：[400, 200]
パーセント：数値の直後の%を付け、値をダブルクォートで囲む。例：["50%", "100%"]
割合：無単位、指定可能な値の範囲は0〜1。例：[0.5, 1.0]

スクリプト名（指定任意）

２つ目の引数script（指定任意）には、動作させるスクリプトを指定します。これは通常、分子構造情報を読み込み、表示方法を修正するものです。

属性指定（指定任意）

３つ目の引数nameSuffix（指定任意）には、appletタグで使うnameとid属性値を厳密に制御したい場合にのみ指定する必要があります。

【例】
jmolApplet(500, "script hoge.jmol")

参考文献・サイト：

Jmol.js JavaScript Library

フォーム設置

ラジオボタン（択一）
チェックボックス（複数選択可）
ボタン

ラジオボタン（択一）

グループ内でどれか１つしか選択できない「ラジオボタン」をページに置くのに使用します。

【書式】
jmolRadioGroup(動作内容, 表示文字列, グループ名, id, title)

動作内容（指定必須）: 該当するラジオボタンを選択した際に実行するスクリプト内容を記述します。
表記文字列（指定任意）: ラジオボタンの後に表示する文字列を指定します。指定しない場合、既定値として空白（&nbsp）が用いられます。
グループ名（指定任意）: グループ内の全ラジオボタンに共通するname属性値を指定します。指定がなければ、jmolRadioGroup0, jmolRadioGroup1のような名前が自動的に設定されます。
id（指定任意）: 指定すると、グループ全体が指定した値をid属性値に持つspan要素で囲まれます。

チェックボックス（複数選択可）

ボタン

テキストラベルを持つボタンを表示します。

【書式】
jmolButton(スクリプト, ラベル, id, title)

【例】
<script type="text/javascript">
<!--
  jmolInitialize("../jmol");
  jmolApplet(500, "script test.jmol");
  jmolButton("reset","表示位置を戻す");
-->
</script>

【出力されるHTML】（jmolButton部分）
<span id="span_jmolButton0">
  <input name="jmolButton0" 
            id="jmolButton0" 
            value="表示位置を戻す" 
            onclick="_jmolClick(3)" 
            onmouseover="_jmolMouseOver(3);return true" 
            onmouseout="_jmolMouseOut()" 
            type="button">
</span>

スクリプト（指定必須）: ボタンをクリックすると記述されたスクリプトが実行されます。ページ内に複数のJmolアップレットがあった場合、JmolSetTargetコマンドでどのアップレットにスクリプトを適用するのか指定することができます。指定がない場合は直前のアップレットに対してスクリプトが適用されます。
ラベル（指定任意）: ボタンに表示させる文字列を指定します。指定がない場合は、スクリプトの最初32文字が用いられます。
id（指定任意）: 指定すると、id属性およびname属性の両方がidに指定した値に設定されます。既定値は jmolButton0, jmolButton1 のような値です。また、ボタン全体が「span_」＋「id」をid属性の属性値として持つspan要素内に入れられます。
title（指定任意）: 指定すると、ボタンをマウスでポイントした時に指定値が表示されるようになります。

html要素

Html出力

【書式】
jmolHtml(Htmlテキスト);

任意のHtmlテキストを出力します。

【例】
jmolHtml("<h1>This is the title!</h1>");
jmolHtml("<p>hogehoge</p>");

改行（<br />）

【書式】
jmolBr();

htmlページに改行を挿入する指示「<br />」を出力します。以下の各コマンドと同じ動作をします。

jmolHtml("<br />")
<script><br /></script>
document.write("<br />")