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メモ|SCOP
SCOP:Structural Classification of Proteins|Classes
最上位の分類階層として以下11のクラス(Class)を設ける(クラスに準ずるものも含む)。
α構造のみの蛋白質
β構造のみの蛋白質
主に平行βシートでできている蛋白質(α/β)
主に逆平行βシートでできている蛋白質(α+β)
複数のクラスのドメインでできている折りたたみ(マルチドメイン蛋白質)
膜・細胞表面蛋白質
コイルドコイル蛋白質
小蛋白質
低解像度の蛋白質構造
ペプチド
設計された蛋白質
Class:α構造のみの蛋白質(All alpha proteins)
グロビン様(Globin-like)
中心には6らせんがあり、折りたたまれたリーフ(folded leaf)、部分的に開いた構造
Superfamily:グロビン様
Family:突き出たヘモグロビン(Truncated hemoglobin、最初のらせんを欠く)
Family:神経組織微小ヘモグロビン(神経ヘモグロビン、neural globin、最初のらせんを欠くが、通常のグロビンにより近い)
Family:グロビン(Globins、ヘム結合蛋白質)
フィコシアニン様フィコビリソーム蛋白質(Phycocyanin-like phycobilisome proteins、2種類の違った型のグロビン様蛋白質がオリゴマーを形成+N末端に2つのらせんが付加されbilin chromophoreに結合する)
Superfamily:αらせんフェレドキシン(alpha-helical ferredoxin、2つの鉄硫黄クラスタ(Fe4-S4)を含む)