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メモ|SCOP

SCOP:Structural Classification of Proteins|Classes

最上位の分類階層として以下11のクラス(Class)を設ける(クラスに準ずるものも含む)。
  1. α構造のみの蛋白質
  2. β構造のみの蛋白質
  3. 主に平行βシートでできている蛋白質(α/β)
  4. 主に逆平行βシートでできている蛋白質(α+β)
  5. 複数のクラスのドメインでできている折りたたみ(マルチドメイン蛋白質)
  6. 膜・細胞表面蛋白質
  7. コイルドコイル蛋白質
  8. 小蛋白質
  9. 低解像度の蛋白質構造
  10. ペプチド
  11. 設計された蛋白質

Class:α構造のみの蛋白質(All alpha proteins)

グロビン様(Globin-like)
中心には6らせんがあり、折りたたまれたリーフ(folded leaf)、部分的に開いた構造
  1. Superfamily:グロビン様
    1. Family:突き出たヘモグロビン(Truncated hemoglobin、最初のらせんを欠く)
    2. Family:神経組織微小ヘモグロビン(神経ヘモグロビン、neural globin、最初のらせんを欠くが、通常のグロビンにより近い)
    3. Family:グロビン(Globins、ヘム結合蛋白質)
    4. フィコシアニン様フィコビリソーム蛋白質(Phycocyanin-like phycobilisome proteins、2種類の違った型のグロビン様蛋白質がオリゴマーを形成+N末端に2つのらせんが付加されbilin chromophoreに結合する)
  2. Superfamily:αらせんフェレドキシン(alpha-helical ferredoxin、2つの鉄硫黄クラスタ(Fe4-S4)を含む)