リンク集(l) 分子ビュアー

分子ビュアー

PDBフォーマットなどの分子構造データファイルを読み込んで形状を表示する分子閲覧ソフトについて。

ソフト 開発元 コード言語 対応OS 追加で必要 ウェブ埋め込み 備考
Windows Mac Linux Android iOS
ESmol オープンソース Java × × × ○ × GLmolのAndroid版。C++で実装されより高速で大きな分子も扱える類似品としてNDKmolがある。ダウンロード（Google Play）
GLmol オープンソース JavaScript+WebGL ○ ○[2] ○ ○ ○ WebGLが動作するウェブブラウザ Android用の姉妹品としてESmol（Javaで実装、より幅広い環境で動作する）、NDKmol（C++で実装、より高速で大きな分子も扱える）がある。
Jmol[1] オープンソース Java ○ ○ ○ × × JRE ○ JavaScript移植版のJSmolもある。 現行最新版は旧Mac（JavaがAppleから提供されるMac 10.6以前）では動作しない？
JSmol[1] オープンソース JavaScript ○ ○ ○ ○ ○ ウェブブラウザ ○ Java版のJmolをJavaScriptに移植したもの。 モバイル環境でも動作するが分子操作への応答はJmolよりは遅く、特に大きな分子の操作はしづらい。
jV 日本蛋白質構造データバンク（PDBj） Java ○ ○ ○ × × JRE ○ 複数のアプレットをウェブページに埋め込み、同期して回転などの操作を行うことができる。
Molmil オープンソース（GitHub） JavaScript+WebGL ○ ○[2] ○ ○ ○ WebGLが動作するウェブブラウザ jVに代わる、Javaに依存せずWeb Appletとして使える分子ビュアーとして日本蛋白質構造データバンク（PDBj）で開発が始まったアプリケーション。トップ ヘルプ 引用情報（12）
NDKmol オープンソース C++ × × × ○ × GLmolのAndroid版。Javaで実装されたESmolより動作環境範囲は狭くなるが、高速で大きな分子も扱えるとのこと。ダウンロード（Google Play）
NGL Viewer オープンソース（GitHub） JavaScript+WebGL WebGLが動作するウェブブラウザ

Documentation

引用情報:[10] [11]
PyMOL13 Python ○ ○ ○ × ×
PyMOL on the iPad × × × × ○ ダウンロード（App Store）
RasMol
RCSB PDB Mobile RCSB PDB × × × ○ ○ ダウンロード（App Store、Google Play）
UCSF Chimera ユーザーガイド
Autodesk Research Molecule Viewer (Portal Viewer) ウェブブラウザ上で動作
  1. Jmol/JSmol
  2. 古い環境のウェブブラウザ上でWebGLは動作しない（Mac 10.6の場合、WebGLを起動するとOSがクラッシュする？）
  3. Chemtool…構造式描画フリーソフト。インストールはそう簡単ではなさそう？Linuxベースのソフト？
    ケムツール（Chmtool）はLinux、およびX11環境下におけるGTKツールキットを用いたUnixシステムで動作する化学構造描画のための小さなプログラムです。 ChemtoolはBrian Smithによるポストスクリプト印刷への画像変換とPicTeX・EPSフォーマット形式でのファイル出力によって処理を行っています。 姉妹プログラムであるXFigはChemtoolの出力を強化し、２次元図とschematicsを生成してくれるので、併用を推奨します。 Chemtool、XFigのどちらもLinuxの多くのディストリビューションに含まれており、www.xfig.orgなど多くのウェブサイトからダウンロードして利用できます。 もしLaTeX以外の文書処理プログラムにChemtoolを取り込みたいなら、ビットマップによるプレビューを取り込みたいと思うかもしれないが、StarOffice/OpenOfficeもRedmondのソフトウエアもポストスクリプトによる挿入はできないようである。そうではなく、ghostscriptを用いたps2epsiまたはgsviewの一部であるepstoolの利用をお勧めします。 Chemtool-1.6以降では、このオプションがサポートされています。
  4. Protein Explorer…Rasmolから派生して作られたらしい分子構造視覚化ソフトウェア。機能強化とユーザビリティの向上が図られているらしい。現在利用可能なプラットフォームは、WindowsとMacintoshのみ（UNIX系では、Windowsバーチャルマシンを介して利用するよう書かれている。）
  5. MolVis Resources…分子視覚化ソフトと、それらを用いたチュートリアルコンテンツを集めたサイトのよう。
  6. Phyton Molecule Viewer (PMV)
  7. molscript…RPMを作ってインストールするのは結構てこずった。ここが参考になるかも→MOLSCRIPT/インストール - BioKids Wiki
  8. GLUTによる「手抜き」OpenGL入門
  9. iOS端末用分子ビュアーの紹介（英語）
  10. AS Rose, AR Bradley, Y Valasatava, JM Duarte, A Prlić and PW Rose. Web-based molecular graphics for large complexes. ACM Proceedings of the 21st International Conference on Web3D Technology (Web3D '16): 185-186, 2016. doi:10.1145/2945292.2945324
  11. AS Rose and PW Hildebrand. NGL Viewer: a web application for molecular visualization. Nucl Acids Res (1 July 2015) 43 (W1): W576-W579 first published online April 29, 2015. doi:10.1093/nar/gkv402
  12. Bekker, G.-J., Nakamura, H., Kinjo, A.R.,"Molmil: a molecular viewer for the PDB and beyond", Journal of Cheminformatics 8:42 (2016), doi:10.1186/s13321-016-0155-1
  13. PyMOL: メインページ、wiki