PDBML, pdbMLplus
memo(m) PDBML, pdbMLplus

PDBML, pdbMLplus

蛋白質構造データバンク（PDB）におけるXML形式のデータ「PDBML」の仕様は「PDBML Schema」に記載されている。2009/09/14現在の最新バージョンは3.2-1.0673。

PDBMLに掲載がない機能、実験条件などを追記した「pdbMLplus」については「pdbMLplus Schema」に掲載されている。

データ型とカテゴリ

スキーマファイルに定義されているデータ型として下記のものがある。 実際のPDBML、pdbMLplusファイルでは、

  • 要素名の前には全て "PDBx:" が付く
  • 定義名は「…Type」の「Type」を「Category」に変えたものが実体として置かれる。

pdbMLplusだけにあるデータ型

下記３つのデータ型はpdbMLplusのスキーマにしか見られないデータ型。データ型名から想像すると各データ型の役割は以下の通り。

データ型 内容
gene_ontologyType GO（gene ontology）に関する記述を行うための要素
jV_commandType jVのコマンドに関する記述を行うための要素
headType 更新履歴を記録するための要素

PDBMLだけにあるデータ型

PDBMLのスキーマに記述があり、pdbMLplusのスキーマには記述がないデータ型は「pdbx_remediation_atom_site_mappingType」１種のみ。内容は以下の通り。

データ型 内容
pdbx_remediation_atom_site_mappingType pdbx_remediation_atom_site_mappingカテゴリは化学的に再定義されている選択された分子エントリー間の対応付け情報を記録します。priorと現在の原子記述法はこのカテゴリ配下に列挙されます。

共通して存在するデータ型

  • atom_siteType
  • atom_site_anisotropType
  • atom_sitesType
  • atom_sites_altType
  • atom_sites_alt_ensType
  • atom_sites_alt_genType
  • atom_sites_footnoteType
  • atom_typeType
  • auditType
  • audit_authorType
  • audit_conformType
  • audit_contact_authorType
  • audit_linkType
  • cellType
  • cell_measurementType
  • cell_measurement_reflnType
  • chem_compType
  • chem_comp_angleType
  • chem_comp_atomType
  • chem_comp_bondType
  • chem_comp_chirType
  • chem_comp_chir_atomType
  • chem_comp_linkType
  • chem_comp_planeType
  • chem_comp_plane_atomType
  • chem_comp_torType
  • chem_comp_tor_valueType
  • chem_linkType
  • chem_link_angleType
  • chem_link_bondType
  • chem_link_chirType
  • chem_link_chir_atomType
  • chem_link_planeType
  • chem_link_plane_atomType
  • chem_link_torType
  • chem_link_tor_valueType
  • chemicalType
  • chemical_conn_atomType
  • chemical_conn_bondType
  • chemical_formulaType
  • citationType
  • citation_authorType
  • citation_editorType
  • computingType
  • databaseType
  • database_2Type
  • database_PDB_caveatType
  • database_PDB_matrixType
  • database_PDB_remarkType
  • database_PDB_revType
  • database_PDB_rev_recordType
  • database_PDB_tvectType
  • diffrnType
  • diffrn_attenuatorType
  • diffrn_detectorType
  • diffrn_measurementType
  • diffrn_orient_matrixType
  • diffrn_orient_reflnType
  • diffrn_radiationType
  • diffrn_radiation_wavelengthType
  • diffrn_reflnType
  • diffrn_reflnsType
  • diffrn_reflns_classType
  • diffrn_scale_groupType
  • diffrn_sourceType
  • diffrn_standard_reflnType
  • diffrn_standardsType
  • em_2d_crystal_entityType
  • em_2d_crystal_growType
  • em_2d_projection_selectionType
  • em_3d_fittingType
  • em_3d_fitting_listType
  • em_3d_reconstructionType
  • em_assemblyType
  • em_bufferType
  • em_buffer_componentsType
  • em_detectorType
  • em_electron_diffractionType
  • em_electron_diffraction_patternType
  • em_electron_diffraction_phaseType
  • em_entity_assemblyType
  • em_entity_assembly_listType
  • em_euler_angle_distributionType
  • em_experimentType
  • em_helical_entityType
  • em_icos_virus_shellsType
  • em_image_scansType
  • em_imagingType
  • em_sample_preparationType
  • em_sample_supportType
  • em_single_particle_entityType
  • em_virus_entityType
  • em_vitrificationType
  • entityType
  • entity_keywordsType
  • entity_linkType
  • entity_name_comType
  • entity_name_sysType
  • entity_polyType
  • entity_poly_seqType
  • entity_src_genType
  • entity_src_natType
  • entryType
  • entry_linkType
  • exptlType
  • exptl_crystalType
  • exptl_crystal_faceType
  • exptl_crystal_growType
  • exptl_crystal_grow_compType
  • geomType
  • geom_angleType
  • geom_bondType
  • geom_contactType
  • geom_hbondType
  • geom_torsionType
  • journalType
  • journal_indexType
  • ndb_original_ndb_coordinatesType
  • ndb_struct_conf_naType
  • ndb_struct_feature_naType
  • ndb_struct_na_base_pairType
  • ndb_struct_na_base_pair_stepType
  • pdbx_SG_projectType
  • pdbx_atom_site_aniso_tlsType
  • pdbx_auditType
  • pdbx_audit_authorType
  • pdbx_bufferType
  • pdbx_buffer_componentsType
  • pdbx_chem_comp_atom_editType
  • pdbx_chem_comp_auditType
  • pdbx_chem_comp_bond_editType
  • pdbx_chem_comp_descriptorType
  • pdbx_chem_comp_featureType
  • pdbx_chem_comp_identifierType
  • pdbx_chem_comp_importType
  • pdbx_constructType
  • pdbx_construct_featureType
  • pdbx_contact_authorType
  • pdbx_coordinate_modelType
  • pdbx_database_PDB_obs_sprType
  • pdbx_database_messageType
  • pdbx_database_procType
  • pdbx_database_relatedType
  • pdbx_database_remarkType
  • pdbx_database_statusType
  • pdbx_diffrn_reflns_shellType
  • pdbx_domainType
  • pdbx_domain_rangeType
  • pdbx_entity_assemblyType
  • pdbx_entity_nameType
  • pdbx_entity_nonpolyType
  • pdbx_entity_prod_protocolType
  • pdbx_entity_src_gen_characterType
  • pdbx_entity_src_gen_chromType
  • pdbx_entity_src_gen_cloneType
  • pdbx_entity_src_gen_clone_ligationType
  • pdbx_entity_src_gen_clone_recombinationType
  • pdbx_entity_src_gen_expressType
  • pdbx_entity_src_gen_express_timepointType
  • pdbx_entity_src_gen_fractType
  • pdbx_entity_src_gen_lysisType
  • pdbx_entity_src_gen_prod_digestType
  • pdbx_entity_src_gen_prod_otherType
  • pdbx_entity_src_gen_prod_other_parameterType
  • pdbx_entity_src_gen_prod_pcrType
  • pdbx_entity_src_gen_proteolysisType
  • pdbx_entity_src_gen_pureType
  • pdbx_entity_src_gen_refoldType
  • pdbx_entity_src_synType
  • pdbx_entry_detailsType
  • pdbx_exptl_crystal_cryo_treatmentType
  • pdbx_exptl_crystal_grow_compType
  • pdbx_exptl_crystal_grow_solType
  • pdbx_exptl_pdType
  • pdbx_feature_assemblyType
  • pdbx_feature_domainType
  • pdbx_feature_entryType
  • pdbx_feature_monomerType
  • pdbx_feature_sequence_rangeType
  • pdbx_helical_symmetryType
  • pdbx_nmr_constraintsType
  • pdbx_nmr_detailsType
  • pdbx_nmr_ensembleType
  • pdbx_nmr_ensemble_rmsType
  • pdbx_nmr_exptlType
  • pdbx_nmr_exptl_sampleType
  • pdbx_nmr_exptl_sample_conditionsType
  • pdbx_nmr_force_constantsType
  • pdbx_nmr_refineType
  • pdbx_nmr_representativeType
  • pdbx_nmr_sample_detailsType
  • pdbx_nmr_softwareType
  • pdbx_nmr_spectrometerType
  • pdbx_nonpoly_schemeType
  • pdbx_phasing_MAD_setType
  • pdbx_phasing_MAD_set_shellType
  • pdbx_phasing_MAD_set_siteType
  • pdbx_phasing_MAD_shellType
  • pdbx_phasing_MRType
  • pdbx_phasing_dmType
  • pdbx_phasing_dm_shellType
  • pdbx_point_symmetryType
  • pdbx_poly_seq_schemeType
  • pdbx_prerelease_seqType
  • pdbx_re_refinementType
  • pdbx_reference_entityType
  • pdbx_reference_entity_annotationType
  • pdbx_reference_entity_componentsType
  • pdbx_reference_entity_featureType
  • pdbx_reference_entity_polyType
  • pdbx_reference_entity_poly_seqType
  • pdbx_reference_entity_src_natType
  • pdbx_reference_entity_synonymsType
  • pdbx_refineType
  • pdbx_refine_aux_fileType
  • pdbx_refine_componentType
  • pdbx_refine_tlsType
  • pdbx_refine_tls_groupType
  • pdbx_reflns_twinType
  • pdbx_robot_systemType
  • pdbx_sequence_rangeType
  • pdbx_soln_scatterType
  • pdbx_soln_scatter_modelType
  • pdbx_struct_assemblyType
  • pdbx_struct_assembly_genType
  • pdbx_struct_assembly_propType
  • pdbx_struct_asym_genType
  • pdbx_struct_chem_comp_diagnosticsType
  • pdbx_struct_chem_comp_featureType
  • pdbx_struct_conn_angleType
  • pdbx_struct_entity_instType
  • pdbx_struct_infoType
  • pdbx_struct_legacy_oper_listType
  • pdbx_struct_mod_residueType
  • pdbx_struct_msym_genType
  • pdbx_struct_oper_listType
  • pdbx_struct_ref_seq_deletionType
  • pdbx_struct_ref_seq_featureType
  • pdbx_struct_ref_seq_feature_propType
  • pdbx_struct_ref_seq_insertionType
  • pdbx_struct_sheet_hbondType
  • pdbx_unobs_or_zero_occ_atomsType
  • pdbx_unobs_or_zero_occ_residuesType
  • pdbx_validate_chiralType
  • pdbx_validate_close_contactType
  • pdbx_validate_main_chain_planeType
  • pdbx_validate_peptide_omegaType
  • pdbx_validate_planesType
  • pdbx_validate_planes_atomType
  • pdbx_validate_rmsd_angleType
  • pdbx_validate_rmsd_bondType
  • pdbx_validate_symm_contactType
  • pdbx_validate_torsionType
  • pdbx_versionType
  • pdbx_xplor_fileType
  • phasingType
  • phasing_MADType
  • phasing_MAD_clustType
  • phasing_MAD_exptType
  • phasing_MAD_ratioType
  • phasing_MAD_setType
  • phasing_MIRType
  • phasing_MIR_derType
  • phasing_MIR_der_reflnType
  • phasing_MIR_der_shellType
  • phasing_MIR_der_siteType
  • phasing_MIR_shellType
  • phasing_averagingType
  • phasing_isomorphousType
  • phasing_setType
  • phasing_set_reflnType
  • publType
  • publ_authorType
  • publ_bodyType
  • publ_manuscript_inclType
  • refineType
  • refine_B_isoType
  • refine_analyzeType
  • refine_funct_minimizedType
  • refine_histType
  • refine_ls_classType
  • refine_ls_restrType
  • refine_ls_restr_ncsType
  • refine_ls_restr_typeType
  • refine_ls_shellType
  • refine_occupancyType
  • reflnType
  • refln_sys_absType
  • reflnsType
  • reflns_classType
  • reflns_scaleType
  • reflns_shellType
  • softwareType
  • space_groupType
  • space_group_symopType
  • structType
  • struct_asymType
  • struct_biolType
  • struct_biol_genType
  • struct_biol_keywordsType
  • struct_biol_viewType
  • struct_confType
  • struct_conf_typeType
  • struct_connType
  • struct_conn_typeType
  • struct_keywordsType
  • struct_mon_detailsType
  • struct_mon_nuclType
  • struct_mon_protType
  • struct_mon_prot_cisType
  • struct_ncs_domType
  • struct_ncs_dom_limType
  • struct_ncs_ensType
  • struct_ncs_ens_genType
  • struct_ncs_operType
  • struct_refType
  • struct_ref_seqType
  • struct_ref_seq_difType
  • struct_sheetType
  • struct_sheet_hbondType
  • struct_sheet_orderType
  • struct_sheet_rangeType
  • struct_sheet_topologyType
  • struct_siteType
  • struct_site_genType
  • struct_site_keywordsType
  • struct_site_viewType
  • symmetryType
  • symmetry_equivType
  • valence_paramType
  • valence_refType
  • datablockType

カテゴリ

実際のPDBML,pdbMLplusファイルの内容は、最上位要素（<PDBx:datablock>）の直下には <PDBx:????Category> 要素が並び、スキーマによる定義に従った子要素がそれぞれ格納されている。

  • datablock（最上位）
  • atom_sitesCategory
  • atom_typeCategory
  • audit_authorCategory
  • audit_confirmCategory
  • cellCategory
  • chem_compCategory
  • citationCategory
  • citation_authorCategory
  • computingCategory
  • database_2Category
  • database_PDB_matrixCategory
  • database_PDB_revCategory
  • database_PDB_rev_recordCategory
  • diffrnCategory
  • diffrn_detectorCategory
  • diffrn_radiationCategory
  • diffrn_radiation_wavelengthCategory
  • diffrn_sourceCategory
  • entityCategory
  • entity_name_comCategory
  • entity_polyCategory
  • entity_poly_seqCategory
  • entity_src_natCategory
  • entryCategory
  • exptlCategory
  • exptl_crystalCategory
  • exptl_crystal_growCategory
  • pdbx_database_relatedCategory
  • pdbx_database_statusCategory
  • pdbx_entry_detailsCategory
  • pdbx_poly_seq_schemeCategory
  • pdbx_struct_assemblyCategory
  • pdbx_struct_assembly_genCategory
  • pdbx_struct_oper_listCategory
  • pdbx_struct_sheet_hbondCategory
  • pdbx_unobs_or_zero_occ_atomsCategory
  • pdbx_unobs_or_zero_occ_residuesCategory
  • pdbx_validate_chiralCategory
  • pdbx_validate_peptide_omegaCategory
  • pdbx_validate_rmsd_angleCategory
  • pdbx_validate_torsionCategory
  • pdbx_versionCategory
  • refineCategory
  • refine_analyzeCategory
  • refine_histCategory
  • refine_ls_restrCategory
  • refine_ls_shellCategory
  • reflnsCategory
  • reflns_shellCategory
  • softwareCategory
  • structCategory
  • struct_asymCategory
  • struct_biolCategory
  • struct_confCategory
  • struct_conf_typeCategory
  • struct_keywordsCategory
  • struct_refCategory
  • struct_ref_seqCategory
  • struct_sheetCategory
  • struct_sheet_orderCategory
  • struct_sheet_rangeCategory
  • symmetryCategory

datablock（最上位）

属性
属性名 属性値
xmlns:xsi http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance
xmlns:schemaLocation
  • PDBML all/no-atom→
    http://pdbml.pdb.org/schema/pdbx-v32.xsd pdbx-v32.xsd pdbx-v32.xsd
  • PDBML ext-atom→
    http://pdbml.pdb.org/schema/pdbx-v32-ext.xsd pdbx-v32-ext.xsd
  • pdbMLplus→
    http://pdbj.protein.osaka-u.ac.jp/XML/pdbmlplus/pdbMLplus_v32.xsd pdbMLplus_v32.xsd
xmlns:PDBx xmlns:schemaLocation の２つ目のファイル名を削除した値。
datablockName
  • 原子座標情報も全て含んだPDBMLファイル→「PDBID」（大文字）
  • 原子座標情報を除いたPDBMLファイルとpdbMLplusファイル→「PDBID」（大文字）＋「-noatom」
  • 座標情報だけを抽出したPDBMLファイル→「PDBID」（大文字）＋「-extatom」

PDBMLとpdbMLplusの差異

PDB:1kdfのPDBMLファイル（noatom）とpdbMLplusファイルを比較してみた（2009/12/07）。

分かったことは、「update_id」を属性キーに持つ要素がpdbMLplusで追加・更新されており、その履歴は head 要素に記載されている、ということ。

struct_refCategory/struct_ref
属性値が異なる（PDBML:L7221、pdbMLplus:L7218）。 子要素の情報更新に伴う属性追加。最後にこの要素配下が改訂されたのはhead要素の nid="4" に記載の改訂。
PDBML pdbMLplus 
<struct_ref id="1">
 
<struct_ref id="1" auth_validate="N" update_id="4">
struct_refCategory/struct_ref/biological_source
pdbMLplusのみに存在する要素（pdbMLplus:L7228）。 head要素の nid="2" に記載の改訂に伴い追加。
PDBML pdbMLplus
（なし） 
<PDBx:biological_source auth_validate="N" update_id="2">
  Macrozoarces americanus (Ocean pout) (Zoarces americanus)
</PDBx:biological_source>
struct_refCategory/struct_ref/cellular_location
pdbMLplusのみに存在する要素（pdbMLplus:L7229）。 head要素の nid="2" に記載の改訂に伴い追加。
PDBML pdbMLplus
（なし） 
<PDBx:cellular_location auth_validate="N" update_id="2">
  Secreted
</PDBx:cellular_location>
struct_refCategory/struct_ref/pdbx_db_primary_accession
pdbMLplusのみに存在する要素（pdbMLplus:L7230,7231）。 head要素の nid="4" に記載の改訂に伴い追加。
PDBML pdbMLplus
（なし） 
<PDBx:pdbx_db_primary_accession auth_validate="N" status="original" update_id="4">
  P19614
</PDBx:pdbx_db_primary_accession>
<PDBx:pdbx_db_primary_accession auth_validate="N" status="current" update_id="4">
  P19614
</PDBx:pdbx_db_primary_accession>
struct_siteCategory
属性値が異なる（PDBML:L7330、pdbMLplus:L7331）。 子要素の情報更新に伴う属性追加。最後にこの要素配下が改訂されたのはhead要素の nid="3" に記載の改訂。
PDBML pdbMLplus 
<PDBx:struct_siteCategory>
 
<PDBx:struct_siteCategory auth_validate="N" update_id="3">
struct_siteCategory/struct_site
要素が２個追加されている（PDBML:L7333の後、pdbMLplus:L7332-7343）。 head要素の nid="2" と nid="3" に記載の改訂に伴い追加。
PDBML pdbMLplus 
<PDBx:struct_site id="1">
  <PDBx:details>ICE-BINDING RESIDUES.</PDBx:details>
  <PDBx:pdbx_evidence_code>UNKNOWN</PDBx:pdbx_evidence_code>
</PDBx:struct_site>
 
<PDBx:struct_site id="1">
  <PDBx:details>ICE-BINDING RESIDUES.</PDBx:details>
  <PDBx:pdbx_evidence_code>UNKNOWN</PDBx:pdbx_evidence_code>
</PDBx:struct_site>
<PDBx:struct_site id="1" auth_validate="N" info_subtype="SITE" info_type="Swiss-Prot" update_id="2">
  <PDBx:pdbx_num_residues>4</PDBx:pdbx_num_residues>
  <PDBx:details>Important for ice-binding.</PDBx:details>
</PDBx:struct_site>
<PDBx:struct_site id="PS00014" auth_validate="N" info_subtype="prosite" info_type="prosite" update_id="3">
  <PDBx:details>Endoplasmic reticulum targeting sequence. [KRHQSA]-[DENQ]-E-L></PDBx:details>
  <PDBx:pdbx_num_residues>4</PDBx:pdbx_num_residues>
</PDBx:struct_site>
struct_site_genCategory/struct_site_gen
要素が５個追加されている（PDBML:L7406の後、pdbMLplus:L7416-7453）。 head要素の nid="2" と nid="3" に記載の改訂に伴い追加。
PDBML pdbMLplus 
<PDBx:struct_site_gen id="5" site_id="1">
  <PDBx:auth_asym_id>A</PDBx:auth_asym_id>
  <PDBx:auth_comp_id>GLN</PDBx:auth_comp_id>
  <PDBx:auth_seq_id>44</PDBx:auth_seq_id>
  <PDBx:details xsi:nil="true"></PDBx:details>
  <PDBx:label_alt_id></PDBx:label_alt_id>
  <PDBx:label_asym_id>A</PDBx:label_asym_id>
  <PDBx:label_atom_id></PDBx:label_atom_id>
  <PDBx:label_comp_id>GLN</PDBx:label_comp_id>
  <PDBx:label_seq_id>45</PDBx:label_seq_id>
  <PDBx:pdbx_auth_ins_code xsi:nil="true"></PDBx:pdbx_auth_ins_code>
  <PDBx:pdbx_num_res>5</PDBx:pdbx_num_res>
  <PDBx:symmetry>1_555</PDBx:symmetry>
</PDBx:struct_site_gen>
 
<PDBx:struct_site_gen id="5" site_id="1">
  <PDBx:auth_asym_id>A</PDBx:auth_asym_id>
  <PDBx:auth_comp_id>GLN</PDBx:auth_comp_id>
  <PDBx:auth_seq_id>44</PDBx:auth_seq_id>
  <PDBx:details xsi:nil="true"></PDBx:details>
  <PDBx:label_alt_id></PDBx:label_alt_id>
  <PDBx:label_asym_id>A</PDBx:label_asym_id>
  <PDBx:label_atom_id></PDBx:label_atom_id>
  <PDBx:label_comp_id>GLN</PDBx:label_comp_id>
  <PDBx:label_seq_id>45</PDBx:label_seq_id>
  <PDBx:pdbx_auth_ins_code xsi:nil="true"></PDBx:pdbx_auth_ins_code>
  <PDBx:pdbx_num_res>5</PDBx:pdbx_num_res>
  <PDBx:symmetry>1_555</PDBx:symmetry>
</PDBx:struct_site_gen>
<PDBx:struct_site_gen nid="1" auth_validate="N" site_id="1" update_id="2">
  <PDBx:auth_asym_id>A</PDBx:auth_asym_id>
  <PDBx:label_comp_id>GLN</PDBx:label_comp_id>
  <PDBx:label_asym_id>A</PDBx:label_asym_id>
  <PDBx:label_seq_id>10</PDBx:label_seq_id>
  <PDBx:auth_seq_id>10</PDBx:auth_seq_id>
</PDBx:struct_site_gen>
<PDBx:struct_site_gen nid="2" auth_validate="N" site_id="1" update_id="2">
  <PDBx:auth_asym_id>A</PDBx:auth_asym_id>
  <PDBx:label_comp_id>ASN</PDBx:label_comp_id>
  <PDBx:label_asym_id>A</PDBx:label_asym_id>
  <PDBx:label_seq_id>15</PDBx:label_seq_id>
  <PDBx:auth_seq_id>15</PDBx:auth_seq_id>
</PDBx:struct_site_gen>
<PDBx:struct_site_gen nid="3" auth_validate="N" site_id="1" update_id="2">
  <PDBx:auth_asym_id>A</PDBx:auth_asym_id>
  <PDBx:label_comp_id>THR</PDBx:label_comp_id>
  <PDBx:label_asym_id>A</PDBx:label_asym_id>
  <PDBx:label_seq_id>19</PDBx:label_seq_id>
  <PDBx:auth_seq_id>19</PDBx:auth_seq_id>
</PDBx:struct_site_gen>
<PDBx:struct_site_gen nid="4" auth_validate="N" site_id="1" update_id="2">
  <PDBx:auth_asym_id>A</PDBx:auth_asym_id>
  <PDBx:label_comp_id>GLN</PDBx:label_comp_id>
  <PDBx:label_asym_id>A</PDBx:label_asym_id>
  <PDBx:label_seq_id>45</PDBx:label_seq_id>
  <PDBx:auth_seq_id>45</PDBx:auth_seq_id>
</PDBx:struct_site_gen>
<PDBx:struct_site_gen nid="1" auth_validate="N" site_id="PS00014" update_id="3">
  <PDBx:auth_asym_id>A</PDBx:auth_asym_id>
  <PDBx:label_asym_id>A</PDBx:label_asym_id>
  <PDBx:beg_label_comp_id>LYS</PDBx:beg_label_comp_id>
  <PDBx:end_label_comp_id>LEU</PDBx:end_label_comp_id>
  <PDBx:beg_label_seq_id>67</PDBx:beg_label_seq_id>
  <PDBx:end_label_seq_id>70</PDBx:end_label_seq_id>
  <PDBx:beg_auth_seq_id>66</PDBx:beg_auth_seq_id>
  <PDBx:end_auth_seq_id>69</PDBx:end_auth_seq_id>
</PDBx:struct_site_gen>
head
pdbMLplusのみに存在する要素（PDBML:L7415の後、pdbMLplus:L7463-7488）。 各改訂の記録。
PDBML pdbMLplus
（なし） 
<PDBx:head>
  <PDBx:update nid="1">
    <PDBx:date>2003-09-30</PDBx:date>
    <PDBx:curator>'yuki'</PDBx:curator>
    <PDBx:type>journal</PDBx:type>
    <PDBx:details>;add;</PDBx:details>
  </PDBx:update>
  <PDBx:update nid="2">
    <PDBx:date>2009-03-03</PDBx:date>
    <PDBx:curator>'pdbj'</PDBx:curator>
    <PDBx:type>auto_update</PDBx:type>
    <PDBx:details>;auto-generated by addInformation(java application).;</PDBx:details>
  </PDBx:update>
  <PDBx:update nid="3">
    <PDBx:date>2009-03-09</PDBx:date>
    <PDBx:curator>'pdbj'</PDBx:curator>
    <PDBx:type>auto_update</PDBx:type>
    <PDBx:details>;auto-generated by pickup_prosite.pl (Perl Script);</PDBx:details>
  </PDBx:update>
  <PDBx:update nid="4">
    <PDBx:date>2009-02-23</PDBx:date>
    <PDBx:curator>'pdbj'</PDBx:curator>
    <PDBx:type>auto_update</PDBx:type>
    <PDBx:details>;auto-generated by GetPrimaryAccession(java application).;</PDBx:details>
  </PDBx:update>
</PDBx:head>
exptl_crystal_growCategory
pdbMLplusのみに存在する要素（PDBML:L7415の後、pdbMLplus:L7489-7495）。 head の nid="1" の改訂により追加。
PDBML pdbMLplus
（なし） 
<PDBx:exptl_crystal_growCategory auth_validate="N" update_id="1">
  <PDBx:exptl_crystal_grow crystal_id="1">
    <PDBx:method auth_validate="N" update_id="1">other</PDBx:method>
    <PDBx:pdbx_details auth_validate="N" update_id="1">NMR</PDBx:pdbx_details>
    <PDBx:temp auth_validate="N" unit="K" update_id="1"></PDBx:temp>
  </PDBx:exptl_crystal_grow>
</PDBx:exptl_crystal_growCategory>