PDBML, pdbMLplus - struct_refCategory
memo(m) PDBML, pdbMLplus(u) struct_ref

struct_refCategory

struct_refカテゴリには、関連する外部データベースの情報が記載される。

struct_refCategory
番号 要素 属性 PDBML plus 備考
名 数 値 名 値
1 struct_refType 1 下記要素（1-*）を指定順に含む なし ○ カテゴリの説明
update_id 10進数型 ○
auth_validate 文字列型 
<xsd:complexType name="struct_refType">
  <xsd:annotation>
    <documentation xml:lang="en">
Data items in the STRUCT_REF category allow the author of a
data block to relate the entities or biological units
described in the data block to information archived in external
databases.

For references to the sequence of a polymer, the value of
the data item  attribute seq_align in category struct_ref is used to indicate
 whether the correspondence between the sequence of the entity
or biological unit in the data block and the sequence in the
referenced database entry is 'complete' or 'partial'. If
this value is 'partial', the region (or regions) of the
alignment may be delimited using data items in the
STRUCT_REF_SEQ category.

Similarly, the value of  attribute seq_dif in category struct_ref is used to ind
icate
 whether the two sequences contain point differences. If the
value is 'yes', the differences may be identified and annotated
using data items in the STRUCT_REF_SEQ_DIF category.

    Example 1 - based on PDB entry 5HVP and laboratory records for the
                structure corresponding to PDB entry 5HVP.
<PDBx:struct_refCategory>
   <PDBx:struct_ref id="1">
      <PDBx:biol_id></PDBx:biol_id>
      <PDBx:db_code>12345</PDBx:db_code>
      <PDBx:db_name>Genbank</PDBx:db_name>
      <PDBx:details></PDBx:details>
      <PDBx:entity_id>1</PDBx:entity_id>
      <PDBx:seq_align>entire</PDBx:seq_align>
      <PDBx:seq_dif>yes</PDBx:seq_dif>
   </PDBx:struct_ref>
   <PDBx:struct_ref id="2">
      <PDBx:biol_id>2</PDBx:biol_id>
      <PDBx:db_code>1ABC</PDBx:db_code>
      <PDBx:db_name>PDB</PDBx:db_name>
      <PDBx:details> The structure of the closely related compound,
isobutyryl-pepstatin (pepstatin A) in complex with
rhizopuspepsin</PDBx:details>
      <PDBx:entity_id></PDBx:entity_id>
      <PDBx:seq_align></PDBx:seq_align>
      <PDBx:seq_dif></PDBx:seq_dif>
   </PDBx:struct_ref>
</PDBx:struct_refCategory>

    </xsd:documentation>
    <documentation xml:lang="ja">
"struct_refCategory"には関連する外部データベースを参照するための
情報を記載することができます。

各struct_ref要素の子要素であるseq_align要素の値は、当エントリー
またはその生物学的単位が参照先データベースのエントリーの全配列を
含んでいるかどうかを示します。この値が 'partial' であった場合、
参照先データベースのどの部分の配列であるのかを示す情報が、
"struct_ref_seqCategory" に記載されます。

同様に、各struct_ref要素の子要素であるseq_dif要素の値は、
当エントリーまたはその生物学的単位と参照先データベースの
エントリーの配列との間にピンポイントでの配列差異があるか
どうかを示します。この値が 'yes' であった場合、違いがあること示し、
その情報が "struct_ref_seq_difCategory" に記載されます。

    例1 - PDBエントリー5HVPに対応する構造のための実験記録

<PDBx:struct_refCategory>
   <PDBx:struct_ref id="1">
      <PDBx:biol_id></PDBx:biol_id>
      <PDBx:db_code>12345</PDBx:db_code>
      <PDBx:db_name>Genbank</PDBx:db_name>
      <PDBx:details></PDBx:details>
      <PDBx:entity_id>1</PDBx:entity_id>
      <PDBx:seq_align>entire</PDBx:seq_align>
      <PDBx:seq_dif>yes</PDBx:seq_dif>
   </PDBx:struct_ref>
   <PDBx:struct_ref id="2">
      <PDBx:biol_id>2</PDBx:biol_id>
      <PDBx:db_code>1ABC</PDBx:db_code>
      <PDBx:db_name>PDB</PDBx:db_name>
      <PDBx:details> The structure of the closely related compound,
isobutyryl-pepstatin (pepstatin A) in complex with
rhizopuspepsin</PDBx:details>
      <PDBx:entity_id></PDBx:entity_id>
      <PDBx:seq_align></PDBx:seq_align>
      <PDBx:seq_dif></PDBx:seq_dif>
   </PDBx:struct_ref>
</PDBx:struct_refCategory>

    </xsd:documentation>
  </xsd:annotation>
  <xsd:sequence>
    <xsd:element maxOccurs="unbounded" minOccurs="0" name="struct_ref">
    ・・・
    </xsd:element>
  </xsd:sequence>
  <xsd:attribute name="update_id" type="xsd:integer"></xsd:attribute>
  <xsd:attribute name="auth_validate" type="xsd:string"></xsd:attribute>
</xsd:complexType>
struct_ref要素
番号 要素 属性 PDBML plus 備考
名 数 値 名 値
1-1 struct_ref ０〜∞ 次表の要素（1-1-*）を子要素として順不同で１つずつ全て含む id 必須、他のstruct_ref要素と重複しない文字列 ○ 要素の説明
次表の要素（1-1-*）を子要素として０個以上任意の個数選択して含む id 必須、他のstruct_ref要素と重複しない文字列 ○
update_id 10進数型
auth_validate 文字列型 
<xsd:element maxOccurs="unbounded" minOccurs="0" name="struct_ref">
  <xsd:complexType>
    <xsd:all>
    <xsd:choice maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
      ・・・
    </xsd:all>
    </xsd:choice>
    <attribute name="id" use="required" type="xsd:string">
      <annotation>
        <documentation xml:lang="en">
          The value of attribute id in category struct_ref must uniquely identify a record
          in the STRUCT_REF list.
          Note that this item need not be a number; it can be any unique identifier.
        </documentation>
        <documentation xml:lang="ja">
          struct_ref要素のid属性の値は、struct_refCategory内にあるstruct_ref要素
          の間で重複しない値でなければなりません。
          このid属性値は一意な値でありさえすれば数値でなくても構いません。
        </documentation>
      </annotation>
    </attribute>
    <xsd:attribute name="update_id" type="xsd:decimal">
      <xsd:annotation>
        </xsd:documentation xml:lang="ja">
        当要素の最新更新に対応する、headCategory/update要素のnid属性値です。
        <xsd:documentation>
      </xsd:annotation>
    </xsd:attribute>
    <xsd:attribute name="auth_validate" type="xsd:string">
      <xsd:annotation>
        </xsd:documentation xml:lang="ja">
        内容不明
        <xsd:documentation>
      </xsd:annotation>
    </xsd:attribute>
  </xsd:complexType>
</xsd:element>
struct_ref要素の子要素
番号 要素 属性 PDBML plus 備考
名 数 値 名 値
1-1-* biol_id ０〜１ 文字列型、NULL OK （なし） ○ ○ 対応するstruct_biolCategory/struct_biol要素のid属性値
1-1-* db_code １ 文字列型、NULL OK （なし） ○ 当エントリーまたは生物学的単位そのもののコード、または関連のあるコードです。例）1ABC、ABCDEF
０〜１ ○
1-1-* db_name １ 文字列型、NULL OK （なし） ○ 当エントリーまたは生物学的単位に関する参照情報のあるデータベースの名前です。例）PDB、CSD、Genbank
０〜１ ○
1-1-* details ０〜１ 文字列型、NULL OK （なし） ○ 当エントリー（またはその生物学的単位）と関連データベースエントリーとの関係についての特記事項
単純型（子要素属性値なし、基底型：文字列型）＋属性追加、NULL OK update_id 整数型 ○
auth_validate token型
1-1-* entity_id １ 文字列型、NULL OK （なし） ○ 対応するentityCategory/entity要素のid属性値
０〜１ ○
1-1-* pdbx_align_begin ０〜１ 文字列型、NULL OK （なし） ○ ○ 関連データベースにおける化学的配列の開始番号。例）1、2
1-1-* pdbx_db_accession ０〜１ 文字列型、NULL OK （なし） ○ ○ 関連データベースの登録番号です。例）P07617
1-1-* pdbx_seq_one_letter_code ０〜１ 文字列型、NULL OK （なし） ○ ○ 化学的配列をアミノ酸や核酸の１文字コードで記したもの。
1-1-* seq_align ０〜１ 文字列 "complete"または"partial"、NULL OK （なし） ○ ○ 配列が参照先データベースエントリーの一部なのか全部なのかを示すフラグ。
1-1-* seq_dif ０〜１ 文字列 "no","n","yes","y"、NULL OK （なし） ○ 参照先データベースエントリーと配列を比較して、ピンポイントでの配列の違いがあるかどうかを示すフラグ。
０〜∞ ○
1-1-* biological_source ０〜１ 文字列型 id 存在任意、文字列型 ○ update_idの参照先（headCategory/update@nid）は正整数型
update_id 10進数型
auth_validate token型
1-1-* cellular_location ０〜１ 文字列型 id 存在任意、文字列型 ○ update_idの参照先（headCategory/update@nid）は正整数型
update_id 10進数型
auth_validate token型
1-1-* pdbx_db_primary_accession ０〜∞ 文字列型 status 存在必須、文字列型 ○ update_idの参照先（headCategory/update@nid）は正整数型
update_id 整数型
auth_validate token型 
<xsd:choice maxOccurs="1" minOccurs="0">
  <xsd:element name="biol_id" maxOccurs="1" minOccurs="0" nillable="true" type="xsd:string">
    <xsd:annotation>
      <xsd:documentation xml:lang="en">
        This data item is a pointer to attribute id in category struct_biol in the
        STRUCT_BIOL category.
      </xsd:documentation>
      <xsd:documentation xml:lang="ja">
        対応するstruct_biolCategoy/struct_biol要素のid属性値です。
      </xsd:documentation>
    </xsd:annotation>
  </xsd:element>
</xsd:choice>

<xsd:choice maxOccurs="1" minOccurs="0">
  <xsd:element name="db_code" maxOccurs="1" minOccurs="1" nillable="true" type="xsd:string">
    <xsd:annotation>
      <xsd:documentation xml:lang="en">
        The code for this entity or biological unit or for a closely
        related entity or biological unit in the named database.
        1ABC
        ABCDEF
      </xsd:documentation>
      <xsd:documentation xml:lang="ja">
        外部データベースにおける
        当エントリーまたは当エントリーと関連性の深いエントリー
        （またはそれら生物学的単位）の登録番号です。
        例）1ABC、ABCDEF
      </xsd:documentation>
    </xsd:annotation>
  </xsd:element>
</xsd:choice>

<xsd:choice maxOccurs="1" minOccurs="0">
  <xsd:element name="db_name" maxOccurs="1" minOccurs="1" nillable="true" type="xsd:string">
    <xsd:annotation>
      <xsd:documentation xml:lang="en">
        The name of the database containing reference information about
        this entity or biological unit.
        PDB
        CSD
        Genbank
      </xsd:documentation>
      <xsd:documentation xml:lang="ja">
        当エントリー（またはその生物学的単位）に関する参照情報を含むデータベースの名前です。
        例）PDB、CSD、Genbank
      </xsd:documentation>
    </xsd:annotation>
  </xsd:element>
</xsd:choice>

<xsd:choice maxOccurs="1" minOccurs="0">
  <xsd:element name="details" maxOccurs="1" minOccurs="0" nillable="true" type="xsd:string">
  <xsd:element name="details" maxOccurs="1" minOccurs="0" nillable="true">
    <xsd:annotation>
      <xsd:documentation xml:lang="en">
        A description of special aspects of the relationship between
        the entity or biological unit described in the data block and
        that in the referenced database entry.
      </xsd:documentation>
      <xsd:documentation xml:lang="ja">
        当エントリー（またはその生物学的単位）と外部参照データベースエントリー
        との関係に関する特記事項が記されています。
      </xsd:documentation>
    </xsd:annotation>
    <xsd:completType>
      <xsd:extension base="xsd:string">
        <xsd:attribute name="update_id" type="xsd:integer"></xsd:attribute>
        <xsd:attribute name="auth_validate" type="xsd:token"></xsd:attribute>
      </xsd:extension>
    </xsd:completType>
  </xsd:element>
</xsd:choice>

<xsd:choice maxOccurs="1" minOccurs="0">
  <xsd:element name="entity_id" maxOccurs="1" minOccurs="1" nillable="true" type="xsd:string">
    <xsd:annotation>
      <xsd:documentation xml:lang="en">
        This data item is a pointer to  attribute id in category entity in the ENTITY category.
      </xsd:documentation>
      <xsd:documentation xml:lang="ja">
        対応するentityCategory/entity要素のid属性値です。
      </xsd:documentation>
    </xsd:annotation>
  </xsd:element>
</xsd:choice>

<xsd:choice maxOccurs="1" minOccurs="0">
  <xsd:element name="pdbx_align_begin" maxOccurs="1" minOccurs="0" nillable="true" type="xsd:string">
    <xsd:annotation>
      <xsd:documentation xml:lang="en">
        Beginning index in the chemical sequence from the reference database.
        1
        2
      </xsd:documentation>
      <xsd:documentation xml:lang="ja">
        当エントリーの配列が、参照先外部データベースエントリーにおける
        化学的配列の何番から始まっているのかを示す値を記載します。
        例）1、2
      </xsd:documentation>
    </xsd:annotation>
  </xsd:element>
</xsd:choice>

<xsd:choice maxOccurs="1" minOccurs="0">
  <xsd:element name="pdbx_db_accession" maxOccurs="1" minOccurs="0" nillable="true" type="xsd:string">
    <xsd:annotation>
      <xsd:documentation xml:lang="en">
        Accession code of the reference database.
        P07617
      </xsd:documentation>
      <xsd:documentation xml:lang="ja">
        参照先外部データベースエントリーの登録番号です。
        例）P07617
      </xsd:documentation>
    </xsd:annotation>
  </xsd:element>
</xsd:choice>

<xsd:choice maxOccurs="1" minOccurs="0">
  <xsd:element name="pdbx_seq_one_letter_code" maxOccurs="1" minOccurs="0" nillable="true" type="xsd:string">
    <xsd:annotation>
      <xsd:documentation xml:lang="en">
        Database chemical sequence expressed as string of one-letter amino acid codes. 
        A  for alanine or adenine
        B  for ambiguous asparagine/aspartic-acid
        R  for arginine
        N  for asparagine
        D  for aspartic-acid
        C  for cysteine or cystine or cytosine
        Q  for glutamine
        E  for glutamic-acid
        Z  for ambiguous glutamine/glutamic acid
        G  for glycine or guanine
        H  for histidine
        I  for isoleucine
        L  for leucine
        K  for lysine
        M  for methionine
        F  for phenylalanine
        P  for proline
        S  for serine
        T  for threonine or thymine
        W  for tryptophan
        Y  for tyrosine
        V  for valine
        U  for uracil
        O  for water
        X  for other
      </xsd:documentation>
      <xsd:documentation xml:lang="ja">
        化学的配列をアミノ酸や核酸の１文字コードで記したもの。
        A アラニン または アデニン
        B アスパラギンまたはアスパラギン酸のどちらか
        R アルギニン
        N アスパラギン
        D アスパラギン酸
        C システイン、シスチン、シトシン
        Q グルタミン
        E グルタミン酸
        Z グルタミンまたはグルタミン酸のどちらか
        G グリシン、グアニン
        H ヒスチジン
        I イソロイシン
        L ロイシン
        K リジン
        M メチオニン
        F フェニルアラニン
        P プロリン
        S セリン
        T スレオニン、チミン
        W トリプトファン
        Y チロシン
        V バリン
        U ウラシル
        O 水
        X その他
      </xsd:documentation>
    </xsd:annotation>
  </xsd:element>
</xsd:choice>

<xsd:choice maxOccurs="1" minOccurs="0">
  <xsd:element name="seq_align" maxOccurs="1" minOccurs="0" nillable="true">
    <xsd:annotation>
      <xsd:documentation xml:lang="en">
        A flag to indicate the scope of the alignment between the
        sequence of the entity or biological unit described in the data
        block and that in the referenced database entry. 'complete'
        indicates that alignment spans the entire length of both
        sequences (although point differences may occur and can be
        annotated using the data items in the STRUCT_REF_SEQ_DIF
        category). 'partial' indicates a partial alignment. The region
        (or regions) of the alignment may be delimited using data items
        in the STRUCT_REF_SEQ category. This data item may also take
        the value '.', indicating that the reference is not to a
        sequence.
      </xsd:documentation>
      <xsd:documentation xml:lang="ja">
        当エントリーの配列が関連データベースエントリーの一部なのか
        全部なのかを示すフラグです。'complete'（原文は 'entire'）は
        関連データベースエントリーの配列全長が当エントリーに含まれることを示し、
        ピンポイントで配列の異なる箇所がある場合、その情報については 
        "struct_ref_seq_difCategory" に記載されます。
        'partial' は配列の一部だけが含まれることを意味し、どの部分の
        配列であるかは "struct_ref_seqCategory" に記載されます。
        また '.' の場合、参照先が配列ではないことを示します
        （→'.' はスキーマの定義にはない）。
      </xsd:documentation>
      <xsd:simpleType>
        <xsd:restriction base="xsd:string">
          <xsd:enumeration value="complete"></xsd:enumeration>
          <xsd:enumeration value="partial"></xsd:enumeration>
        </xsd:restriction>
      </xsd:simpleType>
    </xsd:annotation>
  </xsd:element>
</xsd:choice>

<xsd:choice maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
  <xsd:element name="seq_dif" maxOccurs="1" minOccurs="0" nillable="true">
    <xsd:annotation>
      <xsd:documentation xml:lang="en">
        A flag to indicate the presence ('yes') or absence ('no') of
        point differences between the sequence of the entity or
        biological unit described in the data block and that in
        the referenced database entry. This data item may also
        take the value '.', indicating that the reference is not to a
        sequence.
      </xsd:documentation>
      <xsd:documentation xml:lang="ja">
        参照先データベースエントリーと配列を比較して、
        ピンポイントでの配列の違いがあるかどうかを示すフラグです。
        'yes' または 'y' の場合は配列の差異があることを、
        'no' または 'n' の場合は配列に差異がないことを示します。
        また '.' の場合、参照先が配列ではないことを示します
        （→'.' はスキーマの定義にはない）。
      </xsd:documentation>
      <xsd:simpleType>
        <xsd:restriction base="xsd:string">
          <xsd:enumeration value="no"></xsd:enumeration>
          <xsd:enumeration value="n"></xsd:enumeration>
          <xsd:enumeration value="yes"></xsd:enumeration>
          <xsd:enumeration value="y"></xsd:enumeration>
        </xsd:restriction>
      </xsd:simpleType>
    </xsd:annotation>
  </xsd:element>
</xsd:choice>

<xsd:choice maxOccurs="1" minOccurs="0">
  <xsd:element maxOccurs="1" minOccurs="0" name="biological_source">
    <xsd:annotation>
      <xsd:documentation xml:lang="ja">
        分子を取り出す元となった生物の名称。他の生物で発現させて分子を得た場合、
        entity_src_genCategory/entity_src_gen/pdbx_gene_src_scientific_name（学名）＋
        entity_src_genCategory/entity_src_gen/pdbx_gene_src_common_name（一般名）
        生物から直接分子を得た場合、
        entity_src_natCategory/entity_src_nat/pdbx_organism_scientific（学名）＋
        entity_src_natCategory/entity_src_nat/common_name（一般名）
        の情報と同等。但し、上記要素に必ずしも記載がある訳ではないため、
        上記要素は空で当要素にのみ生物種情報が記載されている場合がありうる。
      </xsd:documentation>
    </xsd:annotation>
    <xsd:simpleContent>
      <xsd:extension base="xsd:string">
        <xsd:attribute name="id" type="xsd:string" use="optional">
          <xsd:annotation>
            <xsd:documentation xml:lang="ja">
              不明
            </xsd:documentation>
          </xsd:annotation>
        </xsd:attribute>
        <xsd:attribute name="update_id" type="xsd:decimal">
          <xsd:annotation>
            <xsd:documentation xml:lang="ja">
              当要素の最新更新に対応する、headCategory/update要素のnid属性値です。
            </xsd:documentation>
          </xsd:annotation>
        </xsd:attribute>
        <xsd:attribute name="auth_validate" type="xsd:token">
          <xsd:annotation>
            <xsd:documentation xml:lang="ja">
              不明
            </xsd:documentation>
          </xsd:annotation>
        </xsd:attribute>
      </xsd:extension>
    </xsd:simpleContent>
  </xsd:element>
</xsd:choice>

<xsd:choice maxOccurs="1" minOccurs="0">
  <xsd:element maxOccurs="1" minOccurs="0" name="cellular_location">
    <xsd:annotation>
      <xsd:documentation xml:lang="ja">
        分子を取り出した細胞の位置（細胞小器官名）。
      </xsd:documentation>
    </xsd:annotation>
    <xsd:complexType>
      <xsd:simpleContent>
        <xsd:extension base="xsd:string">
          <xsd:attribute name="id" type="xsd:string" use="optional">
            <xsd:annotation>
              <xsd:documentation xml:lang="ja">
                不明
              </xsd:documentation>
            </xsd:annotation>
          </xsd:attribute>
          <xsd:attribute name="update_id" type="xsd:decimal">
            <xsd:annotation>
              <xsd:documentation xml:lang="ja">
                当要素の最新更新に対応する、headCategory/update要素のnid属性値です。
              </xsd:documentation>
            </xsd:annotation>
          </xsd:attribute>
          <xsd:attribute name="auth_validate" type="xsd:token">
            <xsd:annotation>
              <xsd:documentation xml:lang="ja">
                不明
              </xsd:documentation>
            </xsd:annotation>
          </xsd:attribute>
        </xsd:extension>
      </xsd:simpleContent>
    </xsd:complexType>
  </xsd:element>
</xsd:choice>

<xsd:choice maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
  <xsd:element maxOccurs="unbounded" minOccurs="0" name="organ_source">
    <xsd:annotation>
      <xsd:documentation xml:lang="ja">
        分子を取り出す元となった生物の器官名。
      </xsd:documentation>
    </xsd:annotation>
    <xsd:complexType>
      <xsd:simpleContent>
        <xsd:extension base="xsd:string">
          <xsd:attribute name="id" type="xsd:string" use="optional">
            <xsd:annotation>
              <xsd:documentation xml:lang="ja">
                不明
              </xsd:documentation>
            </xsd:annotation>
          </xsd:attribute>
          <xsd:attribute name="update_id" type="xsd:decimal">
            <xsd:annotation>
              <xsd:documentation xml:lang="ja">
                当要素の最新更新に対応する、headCategory/update要素のnid属性値です。
              </xsd:documentation>
            </xsd:annotation>
          </xsd:attribute>
          <xsd:attribute name="auth_validate" type="xsd:token">
            <xsd:annotation>
              <xsd:documentation xml:lang="ja">
                不明
              </xsd:documentation>
            </xsd:annotation>
          </xsd:attribute>
        </xsd:extension>
      </xsd:simpleContent>
    </xsd:complexType>
  </xsd:element>
</xsd:choice>

<xsd:choice maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
  <xsd:element maxOccurs="unbounded" minOccurs="0" name="pdbx_db_primary_accession">
    <xsd:annotation>
      <xsd:documentation xml:lang="ja">
        データベースの一次登録番号？
      </xsd:documentation>
    </xsd:annotation>
    <xsd:simpleContent>
      <xsd:extension base="xsd:string">
        <xsd:attribute name="status" type="xsd:string" use="required">
          <xsd:annotation>
            <xsd:documentation xml:lang="ja">
              不明
            </xsd:documentation>
          </xsd:annotation>
        </xsd:attribute>
        <xsd:attribute name="update_id" type="xsd:integer">
          <xsd:annotation>
            <xsd:documentation xml:lang="ja">
              当要素の最新更新に対応する、headCategory/update要素のnid属性値です。
            </xsd:documentation>
          </xsd:annotation>
        </xsd:attribute>
        <xsd:attribute name="auth_validate" type="xsd:token">
          <xsd:annotation>
            <xsd:documentation xml:lang="ja">
              不明
            </xsd:documentation>
          </xsd:annotation>
        </xsd:attribute>
      </xsd:extension>
    </xsd:simpleContent>
  </xsd:element>
</xsd:choice>